激光控制器的嵌入式系统软件设计是指嵌入式微处理器ARM中运行的嵌入式操作系统的移植和应用软件的设计，设计中可以将嵌入式系统软件的开发分为四个层次。

引导加载程序 Bootloader是系统在上电或者复位后运行的第一段程序，类似于PC机的BIOS，完成嵌入式系统的硬件设备的初始化，内存空间映射图的建立，为最终调用嵌入式操作系统准备好环境。这段程序需要根据硬件的不同作出修改，设计中通过修改vivi来作为本系统的Bootloader。

嵌入式Linux支持的硬件很多，是一个其内核可裁减的操作系统。为了获得精简的内核和高稳定性，就需要按照功能需求，对内核进行裁剪。准备好Linux 的内核源代码，在PC机上安装适合于该内核的交叉编译器，然后修改Makefile文件，修改内核代码完成对Nand Flash支持等，配置内核和完成编译。

根文件系统用来存放系统运行时需要的设备文件、系统配置文件和存储数据文件。系统引导程序就是从根文件系统设备上加载内核到内存中去的。

激光嵌入式应用程序往往都包含多个文件，其结构复杂，功能强大。根据嵌入式激光打标机控制器系统要实现的基本功能将应用程序划分为若干个模块，模块式的结构能够使编程设计更加简单，在修改或增加其他功能时不需要对整体结构进行重新编排，模块化的设计的各个模块协调工作使激光打标机系统获得良好的运行。