在设计控制器的印制电路板时将硬件系统分为两部分，一部分是以处理器为核心的最小系统电路，这部分硬件电路采用多层板设计，另一部分是协处理器最小系统和扩展电路，采用的双层板设计，两部分电路经过驱动、隔离后通过多排针连接成为一个整体。

由于嵌入式激光打标机可能是在产品的车间等环境下工作，不可避免地要受到很强的外界干扰，因此要采取一些抗干扰设计措施:

(1)将硬件系统分为两部分，并进行了隔离，以减少辅助处理器电路、扩展电路及外部设备对ARM核心系统的影响，保证控制器的操作系统软件和应用程序的正常运行;

(2)核心板的采用多层板设计增加的地层起到了很好的屏蔽作用;

(3)在电源芯片的输入、输出端和集成芯片的电源引脚和地之间均放置了滤波、去耦电容;特别是S3C2410A芯片和 FPGA芯片的电源和地引脚较多而且位置分散，需要对其设置较多的去耦电容;

(4)对于连接外部设备的通用开关信号输入、输出电路采用光耦进行隔离，外部设备采用外电源供电，起到了很好的隔离作用;

(5)在进行电路及元器件布局时，将模拟部分和数字部分分开，并且模拟部分远离高速数字部分，重点考虑控制振镜的模拟电压信号走线;

(6)对于电源线、地线和信号线要选择合适的布线宽度;

(7)对于连接到扫描振镜系统的模拟信号线的采用良好的屏蔽措施。

嵌入式系统抗干扰设计是一个很复杂的问题，抗干扰能力是嵌入式系统的一个很重要的指标，除了单纯的硬件抗干扰设计，有时还需要采用硬件和软件结合来实现抗干扰,提高嵌入式系统的可靠性和稳定性。